Nous sommes en plein dans l'année 20XX. Un tournoi de robots est organisé et regroupe les plus combatifs des robots de la planète entière. Malheureusement, tout ne se passe pas comme prévu puisque l'infâme Dr. Wily, contrôlé par une entité encore plus diabolique, en profite pour récupérer ces guerrier de métal pour prendre possession du monde. Bien entendu, Megaman ne va pas l'entendre de cette oreille et va partir affronter un par un les robots. Pour ce faire, le joueur doit parcourir 8 niveaux, qui sont autant de boss à abattre (Blizzardman, Tomahawkman, Centaurman, Plantman, Knightman, Yamatoman, Windman, Flameman), dans l'ordre qu'il désire. Au cours de son aventure, il va pouvoir récupérer de nombreux bonus disséminés dans les décors, acquérir des pouvoirs, développer ses skills en plates-formes et surtout affronter des tonnes d'ennemis tous plus belliqueux les uns que les autres. Comme nombre de titres de cette époque,
Megaman VI propose un challenge assez relevé et les néophytes auront fort à faire avant d'en voir le bout – ce qui, forcément, permet à une durée de vie pas spécialement extraordinaire de s'étendre considérablement.

Il faut donc apprendre par cœur les patterns des ennemis pour éviter de mourir, et donc de reprendre le niveau depuis le tout début. Il faut également garder à l'esprit qu'un adversaire repop immédiatement à l'écran si le joueur a le malheur de retourner sur un « tableau » déjà visité (rappelons que le titre se déroule en scrolling horizontal). Ainsi, si Megaman vient de tuer deux ennemis, qu'il fait quelques pas en arrière et que donc le scrolling de l'écran le suit, ces deux ennemis seront immédiatement de retour. Les amateurs sont prévenus : ce titre est exigeant et il faut s'y donner corps et âme. Techniquement, forcément, le tout a énormément vieilli (rappelons qu'il ne s'agit pas d'un remake) et les gros pixels baveux sur les écrans plats risquent de faire saigner des yeux. Heureusement, il est possible de jouer uniquement sur le GamePad pour profiter de graphismes qui, à l'époque, poussaient vraiment la NES à bout. Malgré une petite répétitivité dans les environnements, le bestiaire est plutôt varié et les décors sont assez bien détaillés et colorés (pour du 1993, bien entendu). Les musiques pour leur part sont un peu agaçantes à la longue, et le joueur aura tôt fait de les couper ou de les réduire au maximum.
